A Mecsek egyik legfontosabb idegenforgalmi központja Abaliget és Orfű környékén alakult ki, s ebben nem kis szerepe van az Abaligeti-barlangnak.

Története már az 1700-as évek végén elkezdődött, illetve 1768-ból származik az első adat a barlang bejárásáról. Az abaligeti községi plébánia irattárában őrzött, 1829-ben elindított kéziratos könyvben feljegyezték, hogy a mai Abaligeti-barlangnak régen csak az előürege volt ismert, amelyet a falu első plébánosa pincének használt, s ezért a helybéliek Paplikának keresztelték el. E könyvben találni a feljegyzést, hogy a néhai abaligeti lakos, Mattenheim József molnár és társai 1768-ban az előüreg garatján keresztül bemerészkedtek az addig ismeretlen barlangba, s egészen a végén lévő tavacskáig jutottak. Később Kitaibel Pál természetbúvár is említést tett a barlangról az Icones Plantarum Hungariae rariorum című könyvében, amely felkeltette Kölesi Vincze, a pécsi káptalan bicsérdi ispánjának figyelmét is. Kölesi Vincze 1819 májusában Mestrovich Antal abaligeti lakossal be is járta a barlangot, s tapasztalatairól a Tudományos Gyűjtemény 1820. évi kötetében számolt be. E munka a múlt század íróinak a legfontosabb forrásul szolgált. Több szerző részletesen leírta a barlang jellegzetességeit, s nem mulasztják el megjegyezni a "pap éléskamrája" történetet, valamint a félelmetes barlangi patak látványát.

A múlt század harmincas éveiben akadt egy, a névtelenség homályába vesző mecénás főúr, aki a barlangból eltávolíttatta a bejárást akadályozó sziklákat. Az üreg mai formáját mégsem az ismeretlen adakozónak köszönheti, hanem Chalupni János volt abaligeti plébánosnak, aki szinte egész életét a barlangnak szentelte. Közadakozás útján annyi pénzt gyűjtött össze, hogy 1884. március 6-án bányászok segítségével hozzáfoghattak a barlang kiépítéséhez, amit november 12-ig a Pokol torkáig be is fejeztek.

A múlt század második felében már számos tudós felkereste a híressé vált barlangot, köztük Schmidl Adolf 1863-ban, aki monográfiájában leírta a barlang helyrajzi viszonyait, a benne talált állatok jegyzékét, ásatásai eredményét. Több ismeretterjesztő füzet után, 1905-ben jelent meg századunk első részletes, mindenre kiterjedő ismertetése a barlangról, Myskowszky Emil tollából, a Mecsek Egyesület Évkönyvében. Az ő buzgalmának köszönhető, hogy a Mecsek Egyesület keretében megalakult a Barlangkutató Osztály, azzal a céllal, hogy járhatóvá teszik a Mánfai- és az Abaligeti-barlangot.

Kadic Ottokár először 1922-ben, Bokor Elemérrel járt a barlangban, ahol elkészítették annak részletes térképét s modern leírását. Bokor Elemér doktori disszertációban dolgozta fel az Abaligeti-barlang jellegzetességeit, különösen annak állatvilágát. Ezzel a híres mecseki barlang az aggteleki Baradla mellett korának legrészletesebben kutatott s tudományos monográfiában közzétett barlangjává vált Magyarországon. Később Méhely Lajos és Dudich Endre is végzett a barlangban biológiai gyűjtéseket, s több új állatfajt írtak le.

A század első felében végzett sokirányú, főleg tudományos vizsgálatok eredményeként a barlang főfolyosóját 466 m hosszúságban ismerték meg, s egy bal-, valamint két jobboldali mellékágról tudtak.

Az Abaligeti-barlang feltáró kutatását 1954-ben Kevi László és Vass Béla folytatta, akik a bejárattól 423 m-re felhalmozódott sziklatömbök résein keresztülkúszva bejutottak a 18 m magasan fekvő, cseppkövekben gazdag Nagy-terembe. Innen omladékok között vezet el az út a barlang végéhez, a Pokol torkába, majd a továbbjutást akadályozó kis tóhoz és szifonhoz. Ennek legyőzésére 1960-ban tettek kísérletet, s március 8-án sikerült áthatolniuk.

Az első szifonáttörési kísérletet szívós munka követte, s a vízzel telt üreg minden részletének megismerésével mintegy 30 m-t haladtak előre, és hat méter mélyre jutottak a víz szintje alá.

Az Abaligeti-barlang még ismeretlen szakaszainak feltárására irányuló kutatások a végponti szifon áttörésének nehézségei miatt a továbbiakban megakadtak, és inkább az "oldalágakra" fordították figyelmüket. A barlang 335. m-ében, a Könyvtár terméből nyíló, eredetileg 71 m hosszúságban ismert Nyugati-mellékág folytatását 1960-ban a Baranya Megyei Idegenforgalmi Hivatal barlangkutatói 256 m hosszúságban járták be. E szakasz kezdete szűk, tekervényes folyosóból áll. A kis hozamú vízfolyásban csak térden vagy erősen meggörnyedve lehet közlekedni. Csak 1962 decemberében sikerült a kutatóknak megtalálni a továbbjutás lehetőségét, az addigi végpontot jelentő terem aljától 3-4 m magasban nyíló üregen keresztül. Ekkor további 180 m-t ismertek meg, amely tágasabb keresztmetszete miatt már sokkal kényelmesebben volt járható, mint az eddig tartó út. A Könyvtár bejáratától számított 261 m távolságban sziklamászással lehetett lejutni a régi vízjárat kőhidakkal, vékony kőzetlemezekkel elválasztott Labirintusába. A Labirintus végén, a negyedik teremnél a Nagyomlás zárta el az utat, s a patak a terembe egy szűk nyíláson folyt be. 1963 januárjában újabb kutatóexpedíció indult az omlás legyőzésére. Hatan megmászták a törmelékhalmot, s tágas termet találtak 10 m-rel magasabban. Az újonnan megismert 2-3 m széles és 4-5 m magas terem igen gazdag cseppkövekben, főleg lefolyásokban (Niagara és Narancs-zuhatag), valamint különleges tüskés cseppkövekben.

Az újonnan feltárt, kb. 500 m hosszú járattal az Abaligeti-barlang teljes hosszúsága meghaladta az egy kilométert. 1963 elején Partényi Zoltán a barlang bejáratától számított jobb oldalán 280 m-nél egy új, 70 m hosszú, igen szűk, nagyrészt csak kúszva járható oldalágat tárt fel. Miután most már két jobb oldali (Nyugati) mellékágat ismertek Abaligeten, az újonnan felfedezettnek az I-es számot, a régen ismertnek a II-es számot adták.

1963 márciusában indított újabb barlangi expedíció során a II. sz. jobb oldali mellékág hosszát további 260 m-rel sikerült megnövelni, de a folyosó tovább folytatódott, s a kutatókat csak a kimerültség akadályozta meg az újabb részek felfedezésében. Az út nagy részét négykézláb, illetve a hideg vízben hason kúszva kellett megtenniük, amely nehézségekhez még veszélyes kürtőmászások is kapcsolódtak. 1964 februárjában, a tapasztalt nehézségeken okulva, alaposan felkészültek a túrára, s öten vágtak neki a II. sz. jobb oldali oldalág további szabad részeinek feltárására. A Nagyomlás után a barlang ismét szűkülni kezdett, majd a határozott törésvonal mentén csordogáló patakot követték. Több nagy kürtővel találkoztak, amelyekből erős huzatot éreztek. A patakmederből lassan eltűnt az addig jellemző kvarckavics, s helyette koptatlan konglomerátumtörmeléket találtak. Utuk végét két nagy terem képezte, amelyek 40 m hosszúak és 20 m magasak lehettek. Túrájuk alkalmával 720 m-t tettek meg, s 120 m-rel jutottak tovább, mint az előző alkalommal. Ezzel az Abaligeti-barlang hosszúsága 1380 m-re növekedett.

A II. sz. jobb oldali mellékág új szakaszainak feltárásakor az érdekes földtani megfigyelések azt mutatták, hogy e járat utolsó két nagy terme a mészkő és a konglomerátum határán keletkezett. Ugyanakkor tudták, hogy az Abaligeti-barlangtól 600 m-re nyugatra fekvő Török-pince-víznyelőbarlang szintén konglomerátumban jött létre. Ezért a kutatókban felmerült a kérdés, hogy a Török-pince összeköttetésben áll e az oldalággal. A kérdésre 1964. február 21-én kapták meg a választ, amikor a Török-pince három nappal korábban megfestett vize jelentkezett a II. sz. oldalágban.

Egyre sürgetőbbé vált az Abaligeti-barlang pontos térképének elkészítése és összevetése a környéken megismert többi, elsősorban víznyelőbarlanggal. Különösen az 1969-ben feltárt Akácos-víznyelő mutatott biztató kapcsolatot az Abaligeti-barlang II. sz. oldalágával, amely a főágtól számított mintegy kétharmadában a felszíntől hozzáférhetővé vált. Az Abaligeti-barlang természetes bejáratainak száma így kettőre növekedett. Az Akácos-nyelő első kibontása óta többször beomlott, s végül csak 1976-ban sikerült a bejáratát szakszerűen biztosítani. Megnyílt tehát a tartós, víznyelő felől induló út az Abaligeti-barlangba. Az Akácos-víznyelő feltáróaknájából egy vízszintes, iszapfürdős járat és kétlépcsős akna vezet a 25 m mélyen fekvő II. számú vagy Könyvtári-oldalághoz.

1977-ben elkészült az Abaligeti-barlang új, minden eddiginél pontosabb térképe, melynek adatai szerint az üregrendszer hosszúsága az előző mérésekhez képest "összement", mert a főág 447 m-nek, az I. sz. nyugati oldalág 176 m-nek, a II. sz. nyugati oldalág pedig 368 m-nek adódott. E felmérés alapján az Abaligeti-barlang összhosszúsága 991 m.

A Mecsek leghíresebb barlangja ma már évente mintegy 70 ezer látogatót fogad villannyal kivilágított főágában, s évek óta a légúti betegségben szenvedők gyógyító helye. Sokirányú, főleg meteorológiai és hidrológiai vizsgálatok történtek benne, amelyek nemcsak a jelentős méretű patakos barlangra, hanem tágabb környékére is irányadó értékűek.